Národní knihovna vlastní na 4 200 inkunábulí (tedy tisků vydaných do konce roku 1500). Jde o největší sbírku raných tisků na území České republiky, jež současně patří i k největším souborům ve střední Evropě.

Ve své podstatné části se konstituovala již v poslední třetině 18. století, kdy k fondu klementinské jezuitské knihovny, do níž po Bílé hoře vplynuly i svazky starých kolejních knihoven pražské univerzity, byly připojeny fondy ostatních jezuitských kolejí a následně mnoha českých klášterů zrušených za vlády Josefa II. Hojně pak byla doplňována nákupy v průběhu 20. století. V několika posledních letech byla významným způsobem rozhojněna. Roku 2006 zakoupila Národní knihovna na 550 inkunábulí z knihovny premonstrátského kláštera v Teplé a roku 2008 získala spolu s fondem někdejšího františkánského kláštera v Chebu dalších 500 tisků 15. století, mezi nimi i řadu unikátních a neznámých jednolistů. Již od konce 18. století jsou pro inkunábule vyhrazena signaturová oddělení 39–44. Tiskařská germanika tvoří úctyhodných téměř 70 % sbírky, italika 25 % a na francouzské tiskárny připadají 2 %. Zbylá 3  % tvoří tisky z ostatních evropských zemí. Z celkem 44 známých inkunábulí vytištěných do konce roku 1500 na území vlastních Čech je zde alespoň v jednom exempláři zastoupeno 23 vydání, mezi nimi více unikátů. Kupříkladu ze skupiny sedmi tisků z nejstarší v Čechách působící tiskárny, která byla činná okolo 1476-1479 v Plzni, je jich v Národní knihovně zastoupeno šest, mezi nimi Statuta Arnošta z Pardubic s impresem z 26. dubna 1476, pokládaná dnes za asi nejstarší domácí tisk a známá jen ve třech exemplářích na světě. Nachází se tu i nejstarší pražský tisk – žaltář vytištěný roku 1487.

Nejstarším kusem sbírky inkunábulí byl donedávna zlomek – jeden list z tzv. 42řádkové bible Johanna Gutenberga, prvního velkého díla knihtisku, dokončeného snad již roku 1454. Nedávno byly s chebským fondem získány hned dva exempláře tzv. 31řádkového odpustkového listu, který vytiskl asi rovněž Gutenberg na podzim 1454. Chronologicky pak následuje 48řádková bible Gutenbergových pokračovatelů v mohučské tiskárně Johanna Fusta a Petra Schöffera z roku 1462. Mezi italskými inkunábulemi přichází řada slavných typografických děl, z nichž lze uvést alespoň Lactantiova Opera s impresem z 29. října 1465, vůbec nejstarší datovaný tisk první italské tiskárny, kterou v  Subiacu u Říma založili Konrad Sweynheym a Arnold Pannartz.

Mezi klementinskými inkunábulemi je celá řada světových unikátů či vydání známých dnes jen z několika málo exemplářů. K unikátům patří dva tisky z rostocké tiskárny Bratří společného života (drobná dílka Anselma z Canterbury Soliloquium iubilaeum a Stimulus amoris, oba okolo roku 1475) či jednolistová exkomunikační listina rostockých měšťanů, kterou vydal 9. dubna 1489 biskup v šlesvicko-holštýnském Ratzeburgu Johannes V. Parkentin a v Lübecku vytiskl Steffen Arndes. Dalším z nich je unikátní latinský žaltář, který texturou vytiskl roku 1500 antverpský tiskař Adriaen van Berghen.  Z typografických cimélií je tu nejstarší tisk vydaný v Uhrách, Chronica Hungarorum, vytištěná roku 1473 Andreasem Hessem v Budíně. Velkou vzácností je i cyrilicí tištěný Osmoglasnik v církevní slovanštině. Vytiskl jej mnich Makarios ve své dílně v černohorské Cetyni na přelomu let 1493 a 1494. Jedná se o jedno z nejstarších děl balkánského knihtisku.