Nedílnou součástí historického fondu je systematicky vytvářená příruční knihovna určená jednak jako služební knihovna pro odborné zpracování knižních fondů, jednak jako uživatelská knihovna k prezenčnímu studiu.
Příruční knihovna je zaměřená na historické knižní fondy, jejich obsah a dějiny knižní kultury. Ve studovně je přístupná ve volném výběru její menší část, většina je k dispozici na požádání u služby. Příruční knihovna začala být budována v roce 1937, v současné době čítá cca 25 000 svazků a tvoří jedinečný soubor odborných publikací z 19. a 20. století až po současnou literaturu nejen domácí, ale i zahraniční produkce.
Všechny jednotky příruční knihovny lze najít v elektronickém katalogu NKC a jsou označeny zkratkou BMMS.
Příruční knihovna je rozdělena oborově do čtrnácti samostatných celků:
- Bibl – bibliografie
- Ed – edice
- Enc – encyklopedie
- Facs – faksimile
- Gen – generalia
- Her – heraldika
- Kart – kartografie
- Ill – ilustrace a iluminace
- Pal – paleografie
- Per – periodika
- Teg – vazby
- Typ – typografie
- Voc – slovníky
- Ms – soupisy rukopisů